A Junta de Missões Nacionais da IPB (JMN), desde 1940, tem como objetivo alcançar o país com o Evangelho de Cristo e plantar novas igrejas presbiterianas em território nacional.

Atualmente, são mantidos pela JMN 168 missionários em 163 campos. Sendo 57 missionários exclusivos da JMN IPB e 111 em parcerias. Os resultados colhidos por esse trabalho são bastante significativos.

A JMN inicia trabalhos evangelísticos e planta novas igrejas em cidades em que os presbitérios e igrejas locais da IPB encontram dificuldades para abrir uma igreja.

Outra preocupação da JMN se resume em formar parcerias com os presbitérios e igrejas locais, analisando os dados sociais e econômicos da região para assim iniciar o trabalho de evangelização e plantação de novas igrejas.